Genomics Data Platform Developer

3 settimane fa

Rome, Italia Embl-Ebi A tempo pieno

Your role

The successful candidate will work closely with research and service groups at EMBL Rome, Heidelberg, Barcelona, and EMBL-EBI to contribute to the development of a local and pan-EMBL strategy for genomics, including management, workflows and core training. While the position is based at EMBL Rome, you will be a fully supported and integrated member of the EMBL Data Science Centre working across its European sites. Your duties will include:

Playing a key role in developing both local and pan-EMBL strategies for managing, processing, and utilizing genomics data Ensuring that FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable) principles are embedded in our data handling processes Contributing to onboarding and training of research staff at EMBL Rome to support their data management and analysis needs Facilitating communication and seamless data flow between EMBL scientists and genomics platforms, which may include travel between EMBL sites. Continually exploring new methods, pipelines and technologies to implement across EMBL initiatives within the genomics field Contributing to access pipelines for human cohort and biobank data

Closing date: 27 May 2024

Contract duration: 3 years

Grading: 4,5,6; depending on qualifications and experience (monthly salary starting from 2.764,99 EUR after tax + other paid benefits)

Reference number: HD02594

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We seek a team player with relevant scientific and technical expertise ready to learn and take responsibility for facilitating data science initiatives and research workflows. The ideal candidate would have a degree in a relevant discipline with multiple years of bioinformatics experience, and enjoy collaborative interactions across research areas. Specifically, we seek candidates with:

Experience building and executing workflows that may include transcriptomics, epigenomics, metabolomics, spatial-omics and single-cell applications, particularly using Snakemake and/or Nextflow. Excellent command of R, Python, and/or Julia. Experience in managing databases and data resources to enable smooth user access and workflows Strong abilities in cross-disciplinary collaboration, communication, and training

The successful candidate is a motivated self-starter with a proven ability to work within a multidisciplinary team environment, and with excellent communication and organizational skills. A high standard of written and spoken English is mandatory. Italian language skills are a plus, but not required. The successful candidate would be expected to develop a sufficient understanding of (epi)genomics data from a computational viewpoint.

You might also have

Experience in providing support or pipelines within the Galaxy platform. An interest in facilitating core training for ‘-omics’ data science. A double background in computational science and experimental biology would be valued, as would experience working with image processing or human cohort data pipelines.

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